Дендропарк Калининградского зоопарка достался ему в наследство от зоопарка Кёнигсберга. Уже в начале XX века дендроколлекции Кёнигсберг Тиргартена мог бы позавидовать любой парк Европы. При этом, деревья, цветы и кустарники служили не только для оформления вольеров животных, но и для планирования территории.
По центру зоосада шла дубовая аллея (частично сохранилась до сих пор вдоль вольера жирафов). Со стороны нынешней улицы Чайковского вдоль кортов располагались аллеи лип (от «Пингвинника» до «Деревни») и грабов (сохранилась частично напротив площадки «Непоседа»). Клумбы сотрудники Кенигсбергского зоопарка обновляли несколько раз в год. При этом, посадки планировались таким образом, чтобы чередовать тенистые места и открытые солнечные пространства.
До наших дней помимо дубов, лип и грабов дожили и такие патриархи, как гинкго — ровесник динозавров (у центрального входа), тис (напротив вольера медведей), занесённый в Красную Книгу Калининградской области и, конечно, бук лесной краснолистный (у вольера белоплечих орланов). Поговаривают, что этому дереву уже порядка двухсот лет.
Самое красивое время в зоопарке — апрель и май. Практически одновременно зацветают магнолии, сакура Канзан, сакура Кику-шидара и Аманогава, краснолистная яблоня Роялти и рододендроны.Чуть позже подтягивается японская азалия и бобовник «Золотой дождь».
На смену весеннему буйству красок приходит зеленое сочное великолепие лета. Затем в зоопарке наступает время золота и багрянца. Отдельные особо настырные и жизнелюбивые представители растительного царства умудряются цвести даже в самое, казалось бы, неподходящее время. Например, рододендрон Смирнова иногда выпускает роскошные розовые цветы даже в середине ноября, а в конце сентября может второй раз за сезон зацвести магнолия.
