Всю природоохранную деятельность зоопарка можно разделить на 3 основных направления.

Участие в международных природоохранных проектах и программах крупных международных профессиональных ассоциаций (EAZA, ЕАРАЗА) по сохранению и размножению редких и исчезающих видов животных.
В настоящее время Калининградский зоопарк участвует в Европейских программах по сохранению и размножению следующих редких видов животных (EAZA Ex-situ Programme – EEP):

1. мандрил
2. орангутан
3. белорукий гиббон
4. гигантский муравьед
5. амурский леопард
6. кудрявый пеликан
7. Эдипов тамарин
8. азиатский слон
9. восточный колобус
10. сетчатый жираф
11. уриал
12. равнинный тапир
13. красный вари
14. молуккский какаду
15. стервятник
16. чёрный гриф
17. европейская (речная) выдра

Животные из коллекции зоопарка, включённые в Европейскую племенную книгу (European Studbook – ESB):

1. двупалый ленивец
2. серый тюлень
3. трубкозуб
4. бурый медведь
5. обыкновенный бегемот
6. голубой баран
7. амбоинская шарнирная черепаха
8. кубинский удав
9. белоплечий орлан
10. белоголовый сип
11. фиолетовый турако
12. кубинский крокодил
13. рысь
14. абиссинский рогатый ворон
15. восточный серый кенгуру
16. дагестанский тур
17. винторогий козёл (мархур)

Работа на местном уровне.

На региональном уровне Калининградский зоопарк уже много лет занимается помощью детёнышам балтийских тюленей (вид занесён в международную, российскую и областную Красные книги), которых каждую весну находят травмированными и в ослабленном состоянии на морском побережье. С 1993 по 2022 годы специалисты зоопарка вылечили и возвратили в естественную среду обитания 24 тюленя.

Природоохранное просвещение.

Из года в год команда зоопарка реализует целый ряд проектов, направленных на просвещение и информирование о важных и актуальных, в первую очередь для жителей региона, проблемах. Ежегодно с февраля по май 2022 года у здания администрации размещается фотовыставка «Пал», посвящённая опасности весенних палов, рассказывающая о последствиях поджога травы, выражающихся в сокращении биоразнообразия и гибели животных. Фотоматериалы выставки также размещаются в социальных сетях, что позволяет охватить большую аудиторию.

Также мы разрабатываем и продвигаем несколько методических пособий, каждое из которых актуально в соответствующий сезон: в феврале-марте особый упор делается на информирование посетителей и аудитории соцсетей зоопарка о вероятности встречи с тюленями на побережье Балтийского моря и правилах поведения в таких случаях, в апреле – мае мы рассказываем о слётках, весной учим делать скворечники, осенью – кормушки для зимующих птиц.

Просветительская работа – одно из важнейших направлений работы зоопарка. Мы стремимся не только делиться с нашими посетителями и подписчиками знаниями и опытом, но и вовлекать людей в более активные действия по сохранению природы и биоразнообразия. Важны даже маленькие шаги – кормушка во дворе или правильно затушенный костёр после пикника!